Benoît BELY

Depuis 2002

Préparation d'une thèse de bioinformatique :
Développement d'un outil bioinformatique pour la détection de transcrits altrenatifs et élaboration d'une base de données de connaissances sur l'épissage alternatif.

École doctorale chimie-biologie de l'UFR des Sciences de Rouen (76)

Cette thèse est financée en CIFRE par ExonHit Therapeutics SA, Paris (75) en collaboration avec ABISS.

2002

DESS Étude des Génomes : Outils Informatiques et Statistiques (ÉGOISt)
UFR des sciences et techniques et CFA de Rouen, Mont Saint Aignan (76) (mention B)

(1/4) biologie : génomique (cartographie, séquençage, transcriptome, protéome), bioanalyse (analyse de séquences, détection de gènes, modélisation moléculaire)
(1/2) informatique : système (Linux), programmation (C, PHP, SQL, JAVA), algorithmique (liste, arbres graphe)
(1/4) statistiques : prédiction de gènes (HMM), comparaison de séquences (BLAST, FASTA, CLUSTAL, ...), évolution/phylogénie

Rapport ps.gz ou pdf
Transparents soutenance pdf.gz

Travail d'étude et de recherche dans le cadre du DESS (100h)

assemblage de séquences nucléotidiques chevauchantes en contig
langages C (algorithme d'assemblage), JAVA (interface) : AConTIG

2000

Diplôme universitaire d'informatique appliqué
Université Paris XI, Orsay (91) (mention AB)

Structure des machines, architectures réseaux, programmation scientifique (fortran) et base de données

1999

Maîtrise de biologie cellulaire et physiologie mention physiologie
UFR des sciences et techniques de Rouen, Mont Saint Aignan (76) (mention AB)

Option Immunologie approfondie et neuro-endocrinologie

1997

Licence de biologie cellulaire et physiologie mention génétique moléculaire et cellulaire
UFR des sciences et techniques de Rennes 1, Rennes (35)

1996

DEUG Sciences de la nature et de la vie (SNV) mention biochimie
UFR des sciences et techniques de Rouen, Mont Saint Aignan (76)

1993

Baccalauréat série D (mathématique physique-chime biologie)
Lycée les Bruyères, Sotteville-les-Rouen (76)

2000--2002

Développement et mise en place d'un outil d'Assemblage Consensuel de Contig à partir d'ESTs (ACCES) pour la détection et caractérisation de transcrits alternatifs.
En collaboration avec ABISS (Atelier de Biologie, Informatique, Statistique et Sociolinguistique université de Rouen)

Problématique --> détection in silico d'évènements d'épissage alternatif

Coencadrement :

1999--2000

Développement de Blaster : programme de détection d'éléments répétés dans un génome, regroupement par fermeture transitive d'élément similaire detecté par Blast.

Problématique --> caractérisation des éléments transposables chez Drosophila Melanogaster

Encadrement :

1999

Préparation des documentations pour une audit de la Food and Drug Administration (FDA) pour l'obtention des autorisations de mise sur le marché Américain.

1997--1998

Pour le suivi des dossiers administratifs de chercheur d'emploi, mise en place et gestion d'une base de données

• Biochime
  enzymatique et structurale
• Génétique
  mendelienne, cellulaire, moléculaire et génomique
• Physiologie animal
  neurologie, endocrinologie et immunologie

• Comparaison de séquences
  Blast Fasta
• Alignement multiple
  ClustalW dbClustal Dialign
• Détection de gènes
  GenScan GeneMark HMM
• Phylogénie
  Phylip
• Modélisation moléculaire
  Sybil

• Langages
  C, C++, Fortran, Java, PERL, AWK, PHP, HTML, Bash et SQL
• Système
  Linux (administration), Unix, Windows et Mac
• Divers
  algorithmique, sécurité & réseaux et structure des machines